Le festival a été créé en 1969 à Ouagadougou à l’initiative d’un groupe de cinéphiles, dont notamment François Bassolet, Claude Prieux (Directeur du Centre culturel Franco-Voltaïque) et Alimata Salembéré qui en a été la première présidente en 1969 et 1970. À l’époque, le pays était dénué de structures cinématographiques et la population voltaïque n’avait pas accès aux productions africaines de plus en plus nombreuses. Les initiateurs souhaitaient donc que, par l’intermédiaire de ce festival, les populations puissent enfin voir les films de leur propre continent.

À tort, la première édition est généralement appelée Semaine du cinéma africain, mais sa véritable dénomination est « Premier festival de Cinéma Africain de Ouagadougou »2. Il se déroule du 1er février au 15 février 1969. Cinq pays africains y sont représentés : le Sénégal, la Côte d’Ivoire, la Haute-Volta (actuel Burkina Faso), le Niger et le Cameroun mais également la France et les Pays-Bas. 24 films, dont 18 africains, y ont été présentés. Ce premier rendez-vous draine alors 10 000 spectateurs.

En 1970, la deuxième semaine du cinéma africain accueille 9 pays africains (Algérie, Tunisie, Côte d’Ivoire, Guinée, Niger, Sénégal, Mali, Haute-Volta, Ghana) et 40 films y sont projetés devant 20000 spectateurs.

L’année 1972 marque un tournant dans le festival car, pour la première fois, il est soutenu par l’État qui l’institutionnalise. Il est alors placé sous la tutelle du ministère de la Culture, du Tourisme et de la Communication4. Cette même année, Mme Simone Mensah accède à la présidence2. Pour cette troisième édition, le festival prend le titre de Festival panafricain de cinéma de Ouagadougou (FESPACO) et un « grand prix du festival » portant le nom d’Étalon de Yennenga (en référence à la princesse Yennenga, mythe fondateur de l’empire Mossi) est créé. Dès lors les films ne sont plus seulement présentés, ils sont désormais en compétition.

Les éditions suivantes ont lieu en 1973, 1976, et le Fespaco ne devient bisannuel qu’à partir de 1979. En 1983, le MICA (Marché International du Cinéma africain) est créé. Il a pour but de favoriser la vente et la distribution des films africains en mettant notamment en relation les professionnels du cinéma avec les chaînes de télévision.

Le Festival a été également rebaptisé « Festival Panafricain du Cinéma et de la Télévision de Ouagadougou ». La télévision étant un soutien, par le biais de la distribution et de la coproduction, aux productions cinématographiques, les organisateurs souhaitaient davantage impliquer ce média dans le festival.
Depuis le début de l’histoire de ce festival, la manifestation est très liée à la politique intérieure du Burkina Faso et à sa géopolitique. Il est aussi très important dans le mouvement culturel des années 1960 à 1980 très marqué par l’anti-impérialisme des cinéastes, et dans la structuration du tissu culturel africain et panafricain. Aujourd’hui, même s’il connait des difficultés, le Fespaco reste la principale vitrine pour les cinéastes issus du continent africain. Il n’est plus, en revanche, le seul tremplin pour les réalisateurs qui préfèrent souvent être présentés aux festivals de Durban, Cannes, Amiens ou Namur, etc.

Une nouvelle équipe en prend la tête en 2009, dirigée par Michel Ouedraogo.

En 2013, les Cahiers du cinéma estiment le « festival est en rupture complète avec la population de Ouagadougou », parlant même de « mépris affiché pour les artistes, les médias, le public et la population. » Ils donnent à cela plusieurs explications : d’une part la situation du pays (une période de crise économique, la guerre au Mali voisin qui crée une ambiance tendue) mais aussi l’incendie qui a détruit le 15 janvier 2013 un bâtiment neuf et a coûté très cher au festival. Mais surtout la « politique étrange » suivie depuis 2009 par la direction, en est la cause. Si elle a su mieux organiser le festival, l’exclusion de films qui ne sont pas en copie 35mm, le déplacement des projections de la sélection documentaire à la périphérie de la ville, les nombreuses tables rondes sans intérêt, l’abandon des projections semi-couvertes ou en plein air qui avaient un grand succès auprès des habitants donnent l’impression qu’il ne s’agit plus ni d’un festival populaire ni d’un lieu où les cinéastes sont à l’honneur. En outre, le prix des places est beaucoup trop cher pour les habitants de la ville : le prix du « pass illimité » est égal à certains salaires locaux, la « carte étalon » n’est rentabilisée qu’au bout de 26 films vus en une semaine. Selon la revue, les cocktails diplomatiques et les soirées organisées par des sponsors ont pris une place démesurée par rapport aux films et aux spectateurs. Ce qui est dommage car le critique loue la grande qualité des films sélectionnés cette année-là.

Le FESPACO 2013 est marqué par la « Déclaration solennelle de Ouagadougou »8 proclamée par 6 pays lors du colloque sur le « Cinéma et politiques publiques en Afrique » et dont le but est de doter le cinéma africain d’une « force de frappe ». Des réformes majeures ont été annoncées par le délégué général du FESPACO, Michel Ouedraogo. Tout d’abord, l’accès à la compétition officielle pour les films de la diaspora. Ensuite une revalorisation des primes pour les lauréats (les primes pour les Étalons seront doublées). Et enfin, à la suite de la polémique qui aura ébranlé cette édition, les films au format numérique pourront intégrer la compétition long métrage.